Jmol

Jmol是一个使用java语言编写的开源的免费三维分子显示工具,用于分子模型的浏览和编辑，可以支持多种分子格式，并支持多种常用的图像格式。
◆ 无需硬件支持的高性能3D绘图
◆ 支持的文件格式有：CIF/mmCIF，CML，GAMESS，Gaussian 94/98/03，Ghemical，HIN (HyperChem)，Jaguar，MOL/SDF，MOPAC 93/97/2002，PDB，Q-Chem，SHELX，Spartan，NWChem，XYZ。其中，用gzip压缩的文件可以用程序自动解压缩。
◆ 动画
◆ 振动
◆ 支持基本单位晶胞
◆ 二级结构示意图
◆ 测量距离、键角和扭转角
◆ RasMol/Chime脚本语言支持
◆ JavaScript支持库
◆ 输出jpg，pdf和PovRay格式的文件